Historicamente a Freguesia de Nossa Senhora da Conceição nasce como Matriz ou "mãe" municipal, já que reuniu os fregueses locais da vila primitiva que viviam dentro da fortaleza medieva em torno da ermida de Nossa Senhora do Castelo. Foi o primeiro foral de 5 de Junho de 1210, no reinado de D. Afonso III, que deu expressão ao anseio municipalista e consolidou o crescimento de Vila Viçosa.

A freguesia de Nossa Senhora da Conceição enraizou o seu orago devocional cristão na Mãe Celeste e, mais tarde, a 25 de Março de 1646, o rei D. João IV natural de Vila Viçosa, fez aclamar pelos três estados da Nação portuguesa (clero, nobreza e povo) a Virgem como Rainha de Portugal. Desde aí, os nossos reis abdicaram da exposição icónica do principal símbolo da realeza: em Portugal, a coroa não mais foi ostentada na cabeça do monarca.

No início do século XV o condutor vitorioso da Guerra de Independência contra Castela, D. Nuno Alvares Pereira, doou o senhorio de Vila Viçosa ao seu genro, D. Afonso, cabeça fundadora da Casa de Bragança que aqui se sediou como a mais poderosa linhagem da aristocracia portuguesa. A devoção à Imaculada Conceição e a mesma imagem que ainda hoje se venera no Solar da Padroeira devem-se, segundo a tradição, ao próprio Condestável.

A Freguesia de S. Bartolomeu terá surgido a meio do século XIV, algures entre os reinados de D. Afonso IV e D. Pedro I quando a natural expansão da urbe primitiva, extravasando os limites do Castelo, se ampliou até chegar ao que hoje se designa como a Praça da República. Em 1560 o Duque de Bragança, D. Teodósio l, mandou demolir uma pequena ermida gótica situada no vasto terreno que veio ser aquela Praça para, em sua substituição, erigir outra igreja de maior vulto e determinando-se fazê-la cabeça da Freguesia de São Bartolomeu. À Colegiada de Ourém, entretanto instalada, se deveria atribuir a condução pastoral dos novos fregueses.

Saiu todavia frustrado o novo templo que não chegou a erguer-se e a sede paroquial passou transitoriamente para a Igreja de S. Sebastião e depois, desde 1568, para a Igreja do Espírito Santo ou da Misericórdia, entretanto fundada sob o patrocínio da Casa de Bragança. Finalmente, a Paróquia instalou-se na Igreja de S. João Evangelista em 19 de Fevereiro de 1865, templo já levantado desde 1636 para receber os jesuítas e o seu labor educativo os quais, em edifício contíguo, haviam fundado o Colégio Novo, depois de se verificar acanhado o Colégio Velho sediado no solar nobre de João Gomes Vieira a meio da Rua dos Fidalgos (1601).

Registe-se a particularidade notável de a Freguesia de S. Bartolomeu ser, a nível nacional, uma das três freguesias por completo cercada por outra, ao caso, uma espécie de enclave dentro da de Nossa Senhora da Conceição.